法院審理營業秘密案件時，為保護營業秘密不致因提出於法院而外洩，可以利用法律關於「核發秘密保持令」及「限制閱覽訴訟資料」的特別規定。最高法院110年度台抗字第161號刑事裁定對此二特別規定的區別做出闡釋，本裁判也被選為最高法院具參考價值裁判。
裁判意旨整理（小標題、粗體標示及表格為筆者製作）
法院雖常將「核發秘密保持令」及「限制閱覽訴訟資料」併載於同一裁定，但二者仍有區別
核發秘密保持命令與限制閱覽訴訟資料係不同保護方法，核屬二事，不容混淆。準此，秘密保持命令及限制閱覽訴訟資料雖非不能併存，但其適用要件、救濟程序，仍應分別以觀，不因法院為求便利，將二者併載於同一裁定而受影響。
「核發秘密保持令」及「限制閱覽訴訟資料」區別，整理表列如下
| 刑事案件審理程序對營業秘密的保護 | 秘密保持命令 | 限制閱覽（檢閱、抄錄或攝影）訴訟資料 |
| 法律依據 | 智慧財產案件審理法第30條準用第11條第1項： 當事人或第三人就其持有之營業秘密，經釋明符合該條項1、2款情形者，法院得依該當事人或第三人之聲請，對他造當事人、代理人（辯護人）、輔佐人或其他訴訟關係人發秘密保持命令。 | 營業秘密法第14條第2項： 當事人提出之攻擊或防禦方法涉及營業秘密，經當事人聲請，法院認為適當者，得不公開審判或限制閱覽訴訟資料。 智慧財產案件審理法第24條 訴訟資料涉及營業秘密者，法院得依聲請不公開審判；亦得依聲請或依職權限制卷宗或證物之檢閱、抄錄或攝影。 |
| 立法目的 | 為兼顧營業秘密之保護，及因不許或限制他造當事人之閱覽或開示，妨礙他造當事人之訴訟防禦權之利益衝突，故明定秘密保持命令之制度，以防止營業秘密因提出於法院而致外洩之風險。 （主要目的在禁止因訴訟獲悉而取得營業秘密之人，為訴訟外目的之使用或對外開示） | 審判原則上應公開行之，惟當事人提出之攻擊或防禦方法涉及營業秘密時，如仍一律公開審判，可能造成營業秘密之二次受害，自有未宜。（主要目的在避免營業秘密外洩） |
| 發動方式 | 僅營業秘密持有人得依其聲請發動，法院不得依職權為之。 據此，倘該當事人或第三人認訴訟資料不具秘密性，或無核發秘密保持命令之必要，法院自不宜逕為相異之認定，如有疑義，於裁定前得詢問當事人、應受秘密保持命令之人、關係人或為其他必要之證據調查（刑事訴訟法第222條第2項、智慧財產案件審理細則第23條參照）。 | 得依當事人聲請為之，亦得由法院依職權為之。 |
| 救濟方式 （二者併載於同一裁定。受秘密保持命令之人，倘同時遭限制閱覽訴訟資料） | 就駁回秘密保持命令聲請之裁定，得為抗告（智慧財產案件審理法第13條第4項）。 就准許之裁定，不得抗告，但受秘密保持命令之人，得向法院聲請撤銷（智慧財產案件審理法第14條第1項） | 原則得為抗告（智慧財產案件審理法第26條） 如被告及辯護人遭限制閱覽，亦得向法院聲請撤銷或變更（參照智慧財產案件審理法第1條後段、刑事訴訟法第33條賦予被告及辯護人閱卷權之規定，佐以民事訴訟法第242條第4項允許當事人或第三人聲請法院撤銷或變更限制裁定之精神，基於相同解釋，自得就所受之限制聲請撤銷或變更，乃當然之理。） |
法院如已核發秘密保持命令，對於訴訟資料是否有限制檢閱、抄錄及禁止攝影、複製或以任何方式重製留存之必要，仍須為必要之論述
憲法第16條規定人民有訴訟權，旨在確保人民有受公平審判之權利，依正當法律程序之要求，刑事被告應享有充分之防禦權，包括卷證資訊獲知權，俾受公平審判之保障。據此，刑事案件審判中，原則上應使被告及其辯護人得以適當方式適時獲知其被訴案件之卷宗及證物全部內容（司法院釋字第762號理由書參照），復揆之智財案件審理法第35條，對違反秘密保持命令者科處刑罰，具相當之拘束力，則營業秘密在已有秘密保持命令可資保護下，究有無再限制閱覽訴訟資料及其限制（或開示）之方式，法院仍應視個案情形，妥適權衡，俾兼顧營業秘密之保護及訴訟防禦權之保障，非謂一旦核發秘密保持命令，即一律「有」或「無」限制閱覽訴訟資料之必要。
